基于连锁不平衡的标签SNP预测培训课程(PDF 45页）

1 绪论
1 设T 为非空集，P=Q=G；
1.1 课题来源
1.2 研究背景、目的、意义
1.3 国内外研究状况
1.3.1 从基因型数据集中预测标签 SNP
1.3.2 单体型推断方法
1.3.3 从单体型数据集中预测标签 SNP
1.4 主要研究工作
2.1 前言
2.2 SNP 概念简要介绍
2.3 连锁不平衡的概念
2.4 单体域的定义与构建
2.4.1 基于单体型多样性的定义
2.4.2 基于连锁不平衡的定义
2.5 本章小结
3 基于连锁不平衡的标签SNP 预测
3 对每个|C（am）|=0 的am，加入T，并从Q 中删除；
3.1 前言
3.2 单体域的划分
3.3 基于连锁不平衡的标签 SNP 集预测
3.3.1 贪心算法
3.3.2 穷举算法
3.4 融合统计特征预测最佳标签 SNP 集
3.5 标签 SNP 预测程序tagSNPPRE 流程图
4 标签SNP 预测结果和讨论
4.1 前言
4.2 数据集
4.3 预测结果及分析
4.4 讨论
4.4.1 标签 SNP 预测结果分析
4.4.2 可改进措施
5 SNP 数据库的初步构建
5 重复步骤2-4，直到Q 为空集。
5.1 前言
5.2 SNP 相关数据资源介绍
5.2.1 单核苷酸多态性数据库（dbSNP）
5.2.2 SNP 研究联盟（The SNP Consortium, TSC）提供的数据库
5.2.3 人类基因组突变数据库（The Human Genome Variation, HGVbase）
5.2.4 人类基因组单体型图（haplotype map,HapMap）
5.3 SNP 数据库的初步建立
图 2.1 SNP 等位基因位点示意图
图 2.2 SNP 基因型，单体型及标签SNP 示意图
图 3.1 标签SNP 预测程序tagSNPPRE 流程图
图 4.1 Haploview 软件中划分的单体域示意图
图 5.1 SNP 数据库检索页面
图 5.2 SNP 数据库结果显示页面
表 4.1 tagSNPPRE 与Tagger 的单体域划分结果比较
表 4.2 tagSNPPRE 划分的单体域分布表
表 5.2 ID Numbers 检索选项图
表4.2 所示。
表4.3 tagSNPPRE 与Tagger 的tagSNP 预测结果比较
表5.1 数据库元组信息数据分析报告
表5.3 Locus Information 检索选项图
表5.4 Submission Information 检索选项图
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