生物信息技术概述(PPT 129页)

生物信息技术项目3 进化树的构建
项目3 课程导学
项目任务
学习内容
分子进化与系统发育
内容提要
分子进化研究的目的
系统发育树: 术语
分子进化研究的基础（假设）
分子进化研究的基础（理论）
分子进化研究的基础（实际）
分子钟理论
速率恒定的证据：血色素
中性理论
进化及遗传模型
2.进化分支图，进化树
无根树和有根树：潜在的数目
   4.基因树，物种树
系统发育树重建分析步骤
最大简约法 (MP)
信息位点 (Sites are informative)
上  例
2. 距离法
NJ法/邻接法
NJ/邻接法
找到距离最近的两个点
UPGMA法
最大似然法 (ML)
Phylip软件包介绍
Phylip软件包分组介绍
Phylip软件包的文档
Phylip软件包的应用
实际应用（从蛋白序列推导进化树）
实际操作
加入统计分析(bootstrap)
Bootstrap分析
PAUP*的使用
PAUP*的Nexus的文件块
一个PAUP*的基本分析实例
分析…（开始一）
分析…（开始二）
分析…（建树一）
分析… （建树二）
分析… （建树三）
分析… （建树四）
分析… （建树五）
分析… （建树六）
分析…（树评估一）
分析… （树评估二）
分析… （树评估三）
分析… （树评估四）
分析… （树评估五）
分析… （树评估六）
分析… （树评估七）
分析… （树评估八）
分析结束之前
退出
一些有用的命令
Paup块的一个例子
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